Для определения генетического разнообразия сортов картофеля использовался коммерческий набор реагентов «ГенЭксперт-Картофель» на основе мультиплексного ПЦР-анализа 12 микросателлитных локусов, содержащих короткие тандемные повторы (STR). Сводная информация о STR-локусах набора «ГенЭксперт-Картофель» представлена в таблице 1, структура единицы повтора приводится в соответствии с данными секвенирования [52]. Стандарт длины СД-450 представляет собой жидкую смесь флуресцентно-меченных красителем Sy660 одноцепочечных фрагментов ДНК разной длины. Стандарт длины СД-450 используется на этапе капиллярного электрофореза, вносится в каждый исследуемый образец по 1 мкл и позволяет определять длину амплифицированных фрагментов исследуемого образцы и длины фрагментов аллельной лестницы. Содержит следующие 22 фрагмента ДНК (н.о.): 60, 70, 80, 90, 100, 120, 140, 160, 180, 200, 220, 230, 240, 260, 280, 300, 320, 340, 360, 380, 400, 420, 440, 450 [52]. Аллельная лестницы представляет собой лиофилизированную смесь из 52 флуоресцентных амплифицированных фрагметов ДНК, соответствующих аллельным вариантам исследуемых локусов. Условия амплификации приведены в таблице 2 [52].
Таблица 1 – Описание STR – локусов набора «ГенЭксперт-Картофель» (цит. по [52])
№ Локус Краситель Длина Повтор Хромосома
1 STG0016 6a-R110 129-174 (AGA)n I
2 STI0001 6a-R110 179-205 (AAT)n IV
3 STM5127 6a-R110 233-275 (CTT)n I
4 STI0004 6a-R6G 72-116 (AAG)n VI
5 STI0046 6a-R6G 173-236 (GAT)n XI
6 STI0032 6a-TAMRA 63-97 (GGA)n V
7 STI0012 6a-TAMRA 164-206 (ATT)n IV
8 STI0013 6a-TAMRA 255-314 (ACC)n III
9 STI0030 6a-ROX 84-119 (AAT)n XII
10 STI0033 6a-ROX 124-157 (AGG)n VII
11 STI0014 6a-ROX 166-196 (TGG)n(AGG)n IX
12 STM5114 6a-ROX 290-322 (CAC)n II

Таблица 2 – Условия амплификации для набора «ГенЭксперт-Картофель» (цит. по [52])
Температура, °С Время Циклы
95 3 мин 1
95 10 сек 35
60 40 сек
72 5 мин 1
4 10 мин 1
Капиллярный электрофорез проводился на генетическом анализаторе Нанофор 05 (Синтол, Россия) согласно методике [52].

Литература
52. ГенЭксперт «Картофель»: руководство пользователя / Синтол. – Москва, 2025. – 48 с

Теги: ДНК ПЦР Маркеры генов устойчивости